Sejarah Desa Beran tidak diketahui secara jelas, karena tidak ada peninggalan/petilasan yang dapat dijadikan petunjuk untuk menelusuri sejarah terbentuknya Desa Beran. Namun, dari cerita orang-orang zaman dahulu yang dikaitkan dengan kondisi geografis Desa Beran, maka dapatkah dijadikan sebagai acuan untuk mengetahui sejarah Desa Beran. 
Desa Beran secara geografis terletak di jalur alternatif yang menghubungkan Provinsi Jawa Timur dan Jawa Tengah. Jalur ini sudah ada sejak ratusan tahun yang lalu. Terbukti dengan adanya banyak pohon asam besar di kana-kiri jalan, yang diperkirakan berusia ratusan tahun. Hanya saja seiring perkembangan zaman, pohon-pohon tersebut dirobohkan untuk pelebaran jalan serta penataan tata ruang kota yang kemudian diganti dengan taman pinggir jalan.

Sedangkan menurut cerita yang lain, sejarah Desa Beran diawali dari Dusun Jenggot. Pada masa itu, hidup orang tua berjenggot panjang dan menetap di bantaran  Sungai Madiun. Sehingga wilayah tersebut dinamakan Dusun Jenggot. Untuk memperluas wilayahnya, orang tua tersebut pergi ke suatu tempat yang juga masih di pinggir Sungai Madiun dan menetap cukup lama. Dikarenakan wilayahnya miring 
(mereng), tempat ini yang akhirnya menjadi Dusun Wareng. Orang tua tersebut kembali melanjutkan perjalanan, dan melihat ada sebuah sendang yang becek/balong, sehingga wilayah tersebut dinamakan Dusun Balong. Perjalanan selanjutnya, orang tersebut sampai pada 
hamparan tanah luas yang memilihi sumber air. Hamparan tanah ini disebut Beran.  Area Beran ini cukup luas, seiring berjalannya waktu 
dipisah menjadi dua dusun  yaitu Dusun Beran I dan Beran II. Kedua Dusun ini dipisahkan oleh sungai Ketonggo. Setelah hamparan tanah luas, orang tersebut  melakukan perjalanan ke arah barat dengan menyusuri Sungai Ketonggo sampai dia menemukan banyak Pohon Ingas yang Gancet/Gandeng. Wilayah ini  ditandai dengan sebutan Ingasrejo yang kemudian menjadi Dusun Ingasrejo. Wilayah Ingasrejo 
ini lumayan jauh dari beberapa dusun yang lain, sempat diganti dengan nama Dukuhan (Padukuhan), namun kembali menjadi Ingasrejo untuk 
mengenang sejarah dan karena masih adanya Pohon Ingas di wilayah tersebut. Orang tua berniat kembali ke tempat semula di Bantaran Sungai Madiun dengan melalui jalan yang berbeda. Dalam perjalanan kembali, ia menemukan banyak bunga(Kembang) yang tumbuh subur di 
batuan padas(Karang).  Lokasi batuan karang ini sekarang dikenal dengan nama Karangrejo, setelah dulunya disebut Kembangan. Orang tua berjenggot kembali melanjutkan perjalanan dan menemukan balok-balok besar di tikungan (Belokan) di perjalanan menuju Sungai Madiun. Lokasi dengan belokan ini dinamakan Dusun Belukan.  Setelah dari belokan, orang tua berjenggot  menyusuri sungai untuk kembali ke wilayah asal (Jenggot), dan ternyata  di sekitar lokasi ada sebuah daratan menjorok (pojok) yang diapit oleh sungai besar. Lokasi ini kemudian disebut 
Dusun Pojok. 

Dari sejarah di atas, maka Desa Beran dibagi menjadi 9 (sembilan) 
dusun, meliputi: 
1. Dusun Pojok
2. Dusun Jenggot
3. Dusun Balong
4. Dusun Wareng
5. Dusun Karangrejo
6. Dusun Belukan
7. Dusun Beran I
8. Dusun Beran II
9. Dusun Ingasrejo